1. SMILES简介
1.1 什么是SMILES
（1）SMILES（Simplified Molecular-Input Line-entry System，简化分子线性输入规范）是一种用ASCII字符串描述分子结构的文本编码，由Daylight Chemical Information Systems在20世纪80年代末开发。
（2）它基于分子图论，用少量语法规则即可指定化学结构，可被Open Babel、ChemDraw、MarvinSketch等软件解析。
（3）SMILES的核心价值是：用一行文本替代二维结构图，便于存储、检索和计算。例如，乙醇为CCO，阿司匹林为CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O。
（4）在SMILES中，原子按分子图遍历顺序书写，环用数字标记闭合，双键用=表示，手性中心用@或@@表示，双键构型用/和\表示。
1.2 规范SMILES与异构SMILES
（1）规范SMILES（Canonical SMILES）：由标准化算法生成，通常不含立体化学和同位素信息，主要用于标准化、去重和检索。
（2）异构SMILES（Isomeric SMILES）：在普通SMILES基础上，保留手性、双键顺反构型和同位素等信息，适合区分立体异构体。
（3）若两者都有且相同，说明该物质无立体化学或同位素差异；若不同，优先复制异构SMILES。
1.3 适用范围提醒
（1）SMILES主要适用于结构明确的分子，如小分子和部分离子化合物。
（2）并非所有化学物质都有规范SMILES和异构SMILES。聚合物、合金、矿物、纳米材料、混合物、复杂天然提取物、UVCB物质、非化学计量化合物等，通常没有唯一SMILES。
（3）PubChem中部分条目可能没有SMILES字段，或只有规范SMILES，没有异构SMILES；也可能两者都有但完全相同。
（4）若页面没有SMILES字段，不要强行拼凑，应改用CAS号、分子式、InChI或InChIKey等标识。
2. 适用对象与场景
2.1 适合谁
（1）已有化合物英文名、IUPAC名或CAS号，需要快速获得SMILES；
（2）需要将化合物结构录入建模软件、检索系统或化学数据库。
2.2 典型场景
（1）论文或报告中只有化合物名称，需要SMILES输入计算工具；
（2）已知CAS号，想查询权威的结构编码。
2.3 不适用或建议咨询专业人士
（1）聚合物、金属配合物、Markush结构等复杂体系；
（2）化合物名称有歧义，PubChem返回多个结果且无法判断；
（3）同一化合物存在多个立体异构体，不确定该用哪一个。
3. 前置条件
（1）可联网的浏览器，能访问 https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov；
（2）至少一个化合物标识：英文名、IUPAC名或CAS号；
（3）可选：化合物的结构图或分子式，用于最后比对确认。
（4）时间预期：单个化合物查询通常1—2分钟，校验再花1—3分钟。若名称有歧义或PubChem查不到，建议改用CAS号、ChEMBL、ChemSpider交叉验证，不要反复尝试同一名称。
4. 操作步骤
4.1 第1步：搜索化合物
（1）打开PubChem首页，在搜索框中输入化合物名称或CAS号。PubChem Quick Search接受化学名称、同义词、系统命名法、CAS号等多种输入类型，且不区分大小写；
（2）点击搜索，在结果列表中选择目标化合物，核对分子式、分子量和结构图是否与预期一致；
（3）注意：若名称有歧义，如“维生素D”对应D2、D3等多种形式，PubChem会返回多个结果，需根据分子式或结构图确定正确条目。
4.2 第2步：查找并复制SMILES
（1）进入化合物详情页，在“Computed Descriptors”或“Names and Identifiers”栏目下查找SMILES字段；
（2）先判断是否存在SMILES字段。若没有或为空，说明该物质可能不适合用SMILES表示，不要继续强行获取；
（3）若同时提供规范SMILES和异构SMILES，优先复制异构SMILES；
（4）若只有规范SMILES，可使用，但要注明该SMILES不含立体化学信息；
（5）若两者相同，任选其一即可；
（6）将SMILES粘贴到文本编辑器保存，并记录来源条目和CAS号。
4.3 第3步：校验
（1）回到PubChem结构搜索页面，使用SMILES输入框或结构编辑器，查看渲染出的结构是否与原化合物一致；
（2）也可以使用其他在线SMILES查看器，确认SMILES能正常解析并显示正确结构；
（3）完成标志：渲染结构与原化合物一致，无报错。
5. 材料/数据清单
（1）化合物名称或CAS号；
（2）可选：原结构图、分子式，用于比对；
（3）保存建议字段：name, cas, isomeric_smiles。
6. 常见错误与避坑提示
6.1 复制规范SMILES导致丢失手性信息
（1）现象：结构“看起来一样”，但手性中心信息丢失；
（2）原因：规范SMILES由标准化算法生成，不包含立体化学和同位素信息；
（3）正确做法：优先复制异构SMILES。
6.2 化合物名称有歧义
（1）现象：同名不同物，搜索返回多个结果；
（2）原因：通用名或商品名可能对应多个盐型、异构体或代谢物；
（3）正确做法：用CAS号搜索，或核对分子式与结构图确认目标条目。
6.3 不校验直接使用
（1）现象：SMILES粘贴到下游软件后报错或生成错误结构；
（2）原因：SMILES语法错误，或立体信息丢失；
（3）正确做法：粘贴到PubChem结构搜索或在线SMILES查看器验证。
6.4 误以为所有物质都有SMILES
（1）现象：查不到SMILES，或字段为空，反复尝试同一名称；
（2）原因：部分化学物质没有明确共价结构，或PubChem未生成SMILES；
（3）正确做法：改用CAS号、分子式、InChI或InChIKey，或换ChEMBL、ChemSpider等数据库交叉验证。
7. 下一步建议
（1）保存异构SMILES，并记录来源条目和CAS号；
（2）如需跨库比对的唯一标识，可直接从PubChem页面复制InChIKey，它通常位于“Names and Identifiers”栏目下；
（3）若名称有歧义、查不到或结构复杂，可改用其他数据库交叉验证，或请教化学信息学专业人士。