Open (Quantitative) Structure-activity/property Relationship App

  1. 软件概述

OPERA(全称:Open (Quantitative) Structure-activity/property Relationship App)是由美国国家毒物计划替代性毒理学方法跨部门评估中心(NICEATM)与美国国家环境保护局(U.S. EPA)国家计算毒理学中心合作开发的一款免费、开源/开放数据的QSAR模型套件。所有OPERA模型均基于经过整理的QSAR就绪化学物质结构及分子描述符构建,并遵循经济合作与发展组织(OECD)制定的QSAR模型开发五项原则,为化学品理化性质、环境归趋、ADME及毒性终点提供预测。

  1. 可预测的终点

2.1 理化性质(Physicochemical Properties

涵盖沸点(Boiling Point)、亨利定律常数(Henry’s Law Constant)、辛醇-水分配系数(logP)、熔点和pKa等,其中logP的建模数据量超过22500个化合物。所有预测均默认为760mm Hg、25°C环境条件。

2.2 环境归趋参数(Environmental Fate Endpoints

涵盖大气羟基化速率(Atmospheric Hydroxylation Rate)、生物富集因子(Bioconcentration Factor)、生物降解半衰期(Biodegradation Half-life)、土壤吸附系数(Soil Adsorption Coefficient)等。

2.3 ADME/药代动力学参数

涵盖血浆游离分数(Fraction unbound)、固有清除率(Intrinsic clearance)、Caco-2细胞渗透性(Caco-2 permeability)等,这些参数对于基于生理的药代动力学建模和体外-体内外推研究具有重要价值。

2.4 毒性终点(Toxicity Endpoints

(1)雌激素受体活性(CERAPP项目):建模数据量超过32000个化合物。

(2)雄激素受体活性(CoMPARA项目):建模数据量超过47000个化合物。

(3)急性口服全身毒性(CATMoS项目):建模数据量超过50000个化合物。

CATMoS(Collaborative Acute Toxicity Modeling Suite)可针对法规机构所需的五种急性毒性相关终点提供预测,包括极毒物质识别(LD50≤50mg/kg)、无毒性物质识别(LD50>2000mg/kg)、LD50点估计,以及EPA(四级)和GHS(五级)危害分类体系下的分级预测。

  1. 获取与使用方式

OPERA可通过以下多种途径获取和使用:

(1)独立应用程序:可从GitHub下载,支持Windows和Linux操作系统,提供图形界面和命令行两种使用方式。

(2)EPA CompTox化学品面板:在线查询,OPERA预测结果已嵌入该平台。

(3)NTP集成化学环境:在线查询,OPERA预测结果已嵌入该平台。

(4)OECD QSAR Toolbox扩展插件:自2022年9月起,OPERA已成为OECD QSAR Toolbox的扩展功能。

官方下载地址:

https://ntp.niehs.nih.gov/whatwestudy/niceatm/comptox/ct-opera/opera

https://github.com/NIEHS/OPERA

  1. 版本与维护

OPERA模型会随着新实验数据的积累持续更新。截至2022年9月发布的2.9版,已更新了多项理化性质和ADME参数,并扩大了模型覆盖范围,包括对PFAS类化学物质的预测能力。OPERA作为OECD QSAR Toolbox插件时的版本已更新至1.10,支持Toolbox 4.5及以上版本。

  1. 重要声明

OPERA由美国EPA与NICEATM合作开发并提供,所有预测结果均附带适用域评估和准确性评估信息。OPERA适合用作化学品初步筛选和风险评估的参考工具,不应替代必要的法规性实验验证。

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